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O Santuário Histórico de Machupicchu se estabeleceu em 8 janeiro de 1981, por meio de Ordenação Suprema Nº 001-81-AA. Em 1983 a UNESCO o declarou Patrimônio Cultural e Natural da Humanidade.
Este Santuário fica situado no departamento de Cusco, município de Urubamba, distrito de Machupicchu. Abraça uma superfície de 32 592 hectares.

A área na qual Machupicchu é tem características próprias tanto da região andina quanto da Amazonía. É uma das jóias arquitetônicas mais importantes no mundo e a atratividade turística principal da América do Sul. Qualquer outro trabalho semelhante no continente, e muitos poucos no mundo, harmonizam o trabalho humano tão maravilhosamente com a paisagem natural. Além da cidade sagrada de Machupicchu, outros 34 grupos arqueológicos existem na área conectada pelo caminho inca.

A flora neste Santuário é exuberante, principalmente nas áreas úmidas entre o 2 000 e 4000 m.s.n.m. Nas partes altas elas são espécies diferentes de Poáceas altoandinas. Nas partes baixas observam-se enormes e antigos árvores como o aliso (Alnus jorullensis), o pisonay (Erythrina falcata), a noz (Junglans neotropica), o intimpa (Podocarpus glomeratus), o quishuar (Buddleja incana), o queñual (Polylepis racemosa), o cedro (Cedrela sp.) e muitos outros que cobrem as quebradas e orlas boscosas.

Também há palmas de altura do gênero Geromoina e samambaias arbóreas (Cyathea sp.). as orquídeas são abundantes (30 gêneros e mais de 190 espécies) as quais fazem flores alternadamente ao longo do ano, tanto em áreas abertas como na espessura boscosa. Entre as mais belas figuram: Masdevallia Barlaeana e Maxillaria floribunda. As Bromeliáceas são representadas pela Puya weberbaueri e o rubra de Tillandsia, entre muitos outros.

A fauna apresenta características muito especiais de acordo com as áreas diversas de vida diversas; entre os pássaros são o condor (Vultur gryphus) e espécies de picaflores diversas; entre os mamíferos são o taruca tanka (Mazama chunyi), o puma (Puma concolor), o tigrillo (Leopardus pardalis) e algumas espécies de macacos dos gêneros: Zebus, Saimiri, Aotus e Lagothrix, este último em perigo de extinção. Entre os ofidios temos uma jibóia (Bothrops andianus) e víboras do gênero Bothrops. Também há outras espécies ameaçadas de fauna selvagem que habitam o Santuário como, o frango das pedras ou tunki (Rupicola peruviana), o urso de óculos (Tremarctos ornatus), a lontra (Lontra longicaudis) e o gato montês (Oncifelis colocolo).

O objetivo principal do Santuário Histórico de Machupicchu é proteger os valiosos testemunhos da arqueologia e a cultura andina e seu espetacular cenario paisajístico que constitui hábitat natural de espécies de flora importantes e fauna que estão em situação vulnerável ou em perigo de extinção.