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A Reserva Comunal Amarakaeri foi criada mediante Decreto Supremo Não. 031-2002-AG do 9 de maio do 2002. Esta localizada entre o Distrito de Madre de Dios, Província de Manu, (Departamento de Madre de Dios) e o Distrito de Pilcopata, Província de Paucartambo (Departamento de Cusco), ocupando uma extensão de 402,335.62 hectares.

A região onde se localiza a Reserva Comunal é o território das Comunidades Indígenas Harakmbut, Yine e Matsiguenga, os povoadores encontram nesta área fontes de água limpa e zonas de reprodução para a vida selvagem, mesmo assim conseguem manter sob proteção do estado as áreas consideradas por seus antepassados como sagradas.

A Reserva Comunal Amarakaeri está localizada entre outras importantes áreas protegidas como o Parque Nacional do Manu, a Reserva Nacional Tambopata e o Parque Nacional Bahuaja-Sonene, fazendo parte de um corredor biológico único no mundo, que envolve áreas protegidas dos vizinhos países do Brasil e Bolívia.

Dentro da reserva se podem encontrar várias Zonas de Vida como o Bosque Úmido Subtropical, Bosque Muito Úmido Subtropical, Bosque Pluvial Subtropical e o Bosque Pluvial Semi-saturado Subtropical. A vegetação característica desta zona conta com árvores de 30 m de altura, plantas epífitas das famílias aráceas, bromeliáceas e diversidade de orquídeas. Nas ribeiras dos rios se encontram espécies como Cana Brava (Ginerium sagitatum), Pássaro Bobo (Tessaria sp.), Cetico (Cecropia sp.), Pau Balsa (Ochroma sp.), Paca (Guadua sp.), Bobinsana (Calliandra sp.) e Topa (Ochroma sp.).

A reserva possui também uma grande diversidade de fauna, com altas castas de dispersão e endemismo, apresentando espécies como diferentes variedades de Macacos (Lagothrix lagothrica, Alouatta seniculus), Tapir (Tapirus terrestris), Sajino (Tayassu tajacu), Huangana (Tayassu pecari), Veados (Mazama americana, Mazama quoazoubira), Ouso Formigueiro (Myrmecophaga tridactyla), Armadilho (Priodontes maximus), Ronsoco (Hydrochaeris hydrochaeris) e felinos (Felis concolor, Felis pardalis, Felis wiedii).

Entre os répteis encontramos às tartarugas Taricaya (Podocnemis unifilis) e Motelo (tartaruga) (Geochelone denticulata), ao Caimão Branco (Caiman crocodylus), Caimão Preto (Melanosuchus niger), Iguana (Anolis sp.), serpentes (Lachesis muta, Bothrops atrox, Bothrops bilineatus, Corallus caninus, Spilotes pullatus, Epicrates cenchria, Micrurus mertensi) e diversas espécies de aves como Papagaios e Guacamaios.

Esta área protege a várias espécies em perigo de extinção como o Lobo de Rio (Pteronura brasiliensis), os ursos de óculos (Tremarctos ornatus), Jaguar (Pantera onca) e Maquisapa (Ateles paniscus chamek).

Os objetivos da Reserva Comunal Amarakaeri são os de manter e desenvolver os valores culturais das comunidades nativas Harakmbut e proteger esta área de grande diversidade biológica por ser refúgio de uma grande variedade de espécies de flora e fauna.