In quest'area si conoscono solo due stagioni, quella delle pioggie e quella secca, con ondate di freddo improvvise durante tutto l'anno. La maggior parte della riserva si trova all'interno della linea di divisione delle acque del fiume Manu di 250 chilimetri di lunghezza, uno dei fiumi che scorrono dalle Ande e che si uniscono per dar vita al grande Rio delle Amazzoni.

La maggior parte delle aree basse del parco (a 400 metri sul livello del mare) riceve all'incirca due metri cubici di pioggia all'anno, il doppio che a New York. Gran quantità di questa pioggia cade nei mesi da ottobre a novembre e da aprile a maggio. I mesi secchi vanno da giugno a settembre.

Durante il giorno la temperatura media nelle aree basse è di 35° C, mentre durante la notte la temperatura scende ai de 25°C.Pre questo Ciononostante, durante l'anno, improvvise ondate di freddo provenienti dal Sud danno origine a forti piogge che possono durare uno o due giorni con temperature massime di 18°C di giorno e minime di 10°C di notte.
Nel Manu il clima è molto variabile, ciò vuol dire che nel periodo secco può piovere in qualsiasi momento per questo si devono prendere delle precauzioni.


STAGIONE ALTA: DA MAGGIO A DICEMBRE
STAGIONE BASSA: DA GENNAIO A MARZO