Iquitos, per le sue caratteristiche climatiche, è considerata la città delle motociclette. Per questo motivo il mototaxi risultano la forma più comune per i trasferimenti da un luogo all'altro.

Il mototaxi, è veicolo molto leggero simile ad una motocicletta, ha un abitacolo nella parte posteriore destinata due o tre passeggeri. Le tariffe di questo servizio si concordano prima di salire sul mezzo.

Per muoversi all'interno della città il visitatore può optare per il trasporto pubblico, un servizio offferto dagli autobus o dai minibus che seguono una rotta prefissata.

Se invece si vuole percorrere la regione Amazonas, si consiglia di andare dalle imprese di turismo della città che offrono diversi servizi ecoturistici, d'accordo con il prezzo, il tempo disponibile e la capacità fisica del visitatore.