A Chachapoyas esistono due aeroporti dove arrivano solo aerei della Forza Aerea del Perù, che realizzano voli di appoggio previamente confermati dalla torre di conmtrolo del'aeroporto internazionale di Lima. Alcune volte atterrano voli organizzati da un'impresa aerea regionale.

Il viaggio via terra da Lima a Chachapoya dura 30 ore. Consigliamo se si vuole evitare di passare più di un giorno in autobus di arrivare per via aerea a Chiclayo, capitale del dipartimento di Lambayeque, o a Tarapoto, nel dipartimento di San Martin, per continuare da queste città il tragitto su strada.