La Zona Reservada del Manu fue establecida por R.S. Nº 151-80-AA-DGFF el 26 de junio de 1980, en una parte de los territorios que comprendía el Bosque Nacional de Manu. Tiene una extensión de 2 millones de hectarias cuadradas y está ubicado en el distrito de Fitzcarrald, provincia de Manu, departamento de Madre de Dios. Se ubica exactamente en la parte baja de la cuenca del río Manu.

Constituye una muestra representativa a nivel mundial de los ecosistemas de Bosque Húmedo Tropical. La topografía de su territorio presenta una configuración plana a semi ondulada. Tiene especial importancia como área de amortiguamiento y control del Parque Nacional del Manu.

Por estar comprendida en la selva baja, la fauna y flora que posee es similar a la del Parque Nacional del Manu; destacan árboles que pueden alcanzar hasta más de 60 metros de altura; y entre los más comunes se encuentran: cedro (Cedrela sp.), shihuahuaco (Dipterix sp.), lupuna (Ceiba sp.), mata palo (Ficus sp.), caoba (Swietenia macrophylla), tornillo (Cedrelinga catenaeformis), cetico (Cecropia sp.), topa (Ochocroma sp.), lupuna blanca (Chorisia sp.), etc.; en las zonas inundables son comunes los platanillos y el aguaje.

En cuanto a la fauna se observan especies de aves, como los géneros águila harpía (Harpia harpyja), jabiru (Jabiru mycteria), espátula rosada (Ajaija ajaja), ganso selvático (Neochen jubata), guacamayo (Ara sp.), tucán (Ramphastus sp.), cóndor de la selva (Sarcoramphus papa), puma garza (Tigrosoma sp.), shansho (Opisthocomus hoazin); y mamíferos como: leoncito (Cebuella pygmaea), cotomono (Alouatta seniculus), maquisapa negro (Ateles paniscus), mono choro (Lagotrix sp.), fraile (Saimiris sciureus), tapir (Tapirus terrestris), sajino (Tayassu tajacu), lobos de río (Pteronura brasiliensis), otorongo (Panthera onca) etc.

Entre los reptiles son notables las especies siguientes: el lagarto blanco (Caiman crocodilus), el caimán negro (Melanosunchus niger), la anaconda (Eunectus murinus), la boa (Corallus sp.), la Taricaya (Podocnemis unifilis) y la tortuga terrestre (Geochelone denticulata).

Existe también una gran variedad de peces como zúngaro, doncellas y dorados, además de gran variedad de pirañas. La clase insecta es la que presenta la mayor variedad de especies.

Como Zona Reservada, además de preservar la flora y fauna silvestres, posibilita ejercer acciones complementarias de conservación y aplicación de técnicas de manejo para un mejor uso del área.

La Zona Reservada se caracteriza por la creciente actividad turística, que ofrece atractivos turísticos, a lo largo de ambas márgenes del río Manu, como sus Cochas, circuitos de trochas e infraestructura turística instalada estratégicamente, que permiten el ordenamiento de esta actividad.

Asimismo, en esta zona se desarrollan trabajos de investigación y monitoreo de actividades antrópicas, además de manejo sostenible de recursos (manejo de troncas).