La Zona Reservada Santiago-Comaina se estableció el 21 de enero de 1999, mediante Decreto Supremo Nº 005-99-AG. Se encuentra ubicada en el departamento de Amazonas, provincia de Condorcanqui. Tiene una superficie de 863,277 hectáreas.

En esta Zona existe una gran diversidad de hábitats con flora y fauna que todavía necesita ser investigada, ya que alberga especies endémicas y se encuentra contigua al Refugio del Pleistoceno y Centro de Evolución del Marañón. Investigaciones exhaustivas podrían llegar a comprobar que la diversidad de fauna puede ser una de las más altas del país.

Existen además muchas especies que se encuentran en situación vulnerable, como el frailecillo (Saimiri sp.), el jaguar (Panthera onça), el cóndor (Vultur gryphus), el paujil (Crax globulosa), el lagarto blanco (Caiman crocodilus) y el lagarto negro (Melanosuchus niger). Hasta el momento, se ha logrado determinar que, sólo en los alrededores de la Cordillera del Cóndor, de las 40 especies de orquídeas colectadas, 26 pueden ser nuevas para la ciencia.

Asimismo, se ha registrado un ejemplar de marsupial que no se conocía: Caenolestes condorensis. En una semana de trabajo se logró colectar hasta 474 especies de mariposas, de las cuales 21 pueden ser nuevas para la ciencia.

En cuanto a peces se ha descubierto una nueva especie: Creagrutus sp., y es el único sitio en el Perú donde se ha reportado el género de batracio Ramphophryne.

Muchas de las especies que se encuentran bajo presión de caza y alteración de su hábitat en otros lugares del país, encuentran aquí una zona de refugio y de reproducción. Se han descubierto poblaciones de aves que se encuentran amenazadas en otras partes del país, como el loro de mejillas doradas (Leptosittaca branickii) y se ha encontrado una población importante de mono araña (Ateles belzebuth), que en el ámbito nacional se encuentra bajo considerable presión de caza.

La conservación de esta área es también importante para mantener los ciclos biogeoquímicos, propiciando un mantenimiento de los recursos hídricos, biológicos y sociales de las zonas aledañas.

En esta Zona Reservada se encuentran comunidades nativas de la familia Jíbaro, de los grupos étnicos Aguarunas y Huambisas, distribuidos a lo largo de los ríos Cenepa, Marañón, Nieva y Santiago que desde tiempos remotos, aprovechan los recursos naturales para fines de autoconsumo.

Se ha logrado registrar hasta 22 especies forestales, muchas de ellas con valor comercial, entre otras el cedro (Cedrela sp.) , el tornillo (Cedrelinga catenaeformis), la quina (Cinchona sp.), la cumala (Iryanthera sp.). También se encuentran palmeras como el huasai (Euterpe precatoria), el ungurahui (Yesenia batana) y la pona (Iriartea sp.) cuyo fruto tiene un alto valor nutritivo.

En el área de esta zona se ha reportado la existencia de recursos minerales como el oro, que ha originado el establecimiento de pequeños lavaderos artesanales explotados por nativos y colonos.

El principal objetivo de la Zona Reservada Santiago-Comaina es el de conservar su integridad geográfica debido a que allí se presenta una armoniosa relación entre el hombre y la naturaleza, albergando significativos valores biológicos, paisajísticos y culturales.