El Santuario Nacional Lagunas de Mejía se estableció el 24 de febrero de 1984, mediante Decreto Supremo Nº 015-84-AG. Está ubicado en el departamento de Arequipa, provincia de Islay. Tiene una superficie de 690,6 hectáreas.

Es un refugio y lugar de descanso para las aves migratorias en más de 2 000 km de la costa del Pacífico. Proporciona el hábitat y alimento necesario, principalmente a las aves que provienen del hemisferio norte, como el playero blanco (Calidris alba).

En las orillas de las lagunas se encuentra el sapo (Bufo limensis), mientras que en las colinas de las playas cercanas se observan lagartijas, como Microlophus tigris y de las zonas más altas baja el zorro costero (Pseudolapex sechurae). Se han registrado especies de peces como la lisa (Mugil cephalus) y el pejerrey (Basilichthys sp.).

En cuanto a las aves, existen aproximadamente 180 especies en la zona de playa, entre migratorias y residentes. Se pueden observar: gaviota gris (Larus modestus), playero blanco (Calidris alba), rayador (Rinchops niger), gaviota peruana (Larus belcheri), gaviota dominicana (Larus dominicanus) y gaviota de capucha gris (Larus cirrocephalus).

En las lagunas también se encuentran otras aves como el zambullidor pimpollo (Rollandia rolland), el zambullidor grande (Podiceps major), el pato sutro (Anas flavirostris), el pato gargantillo (Anas bahamensis), el pato colorado (Anas cyanoptera), la polla de agua (Gallinula chloropus), la choca (Fulica americana), la gallineta común (Rallus limicola), la garza cuca (Ardea cocoi), la garza blanca grande (Egretta alba), la garza blanca pequeña (Egretta thula) y la garza azul (Hydranassa caerulea). Las parihuanas (Phoenicopterus chilensis) tienen preferencia por las áreas de poca vegetación.

La vegetación dominante es el junco (Scirpus sp.), la totora (Typha sp.) y los gramadales asociados con Salicornia fructicosa. Dentro del agua de las lagunas se encuentran algas del género Chara sp.

Entre los objetivos del Santuario Nacional Lagunas de Mejía están: proteger la avifauna residente en peligro de extinción, así como las especies migratorias; conservar el refugio de las aves migratorias en sus rutas norte-sur; preservar el hábitat para especies endémicas en peligro de extinción; mantener importantes asociaciones de flora silvestre propias de los ecosistemas acuáticos del litoral y promover el desarrollo económico de la región mediante el desarrollo de la actividad turística.