El Santuario Histórico de Machu Picchu se estableció el 8 de enero de 1981, mediante Decreto Supremo Nº 001-81-AA. En 1983 la UNESCO lo declaró Patrimonio Cultural y Natural de la Humanidad. Este Santuario se ubica en el departamento de Cusco, provincia de Urubamba, distrito de Machupicchu. Abarca una superficie de 32 592 hectáreas.

La zona en la que se encuentra Machu Picchu tiene características propias tanto de la región andina como de la Amazonía. Es una de las joyas arquitectónicas más importantes del mundo y el principal atractivo turístico de América del Sur. Ninguna otra obra similar en el continente, y muy pocas en el mundo, armonizan tan maravillosamente la obra humana con el paisaje natural. Además de la ciudadela de Machu Picchu, existen en la zona otros 34 grupos arqueológicos enlazados por el camino Inca.

La flora en este Santuario es exuberante, sobre todo en las zonas húmedas entre los 2 000 y 4000 m.s.n.m. En las partes altas se encuentran diferentes especies de Poáceas altoandinas. En las partes bajas se observan enormes y antiguos árboles como el aliso (Alnus jorullensis), el pisonay (Erythrina falcata), el nogal (Junglans neotropica), el intimpa (Podocarpus glomeratus), el quishuar (Buddleja incana), el queñual (Polylepis racemosa), el cedro (Cedrela sp.) y muchos otros que cubren las quebradas y orillas boscosas. También hay palmeras de altura del género Geromoina y helechos arbóreos (Cyathea sp.).

Abundan las orquídeas (30 géneros y más de 190 especies) que florecen alternadamente a lo largo del año, tanto en zonas abiertas como en la espesura boscosa. Entre las más bellas figuran: Masdevallia barlaeana y Maxillaria floribunda. Las Bromeliáceas están representadas por la Puya weberbaueri y la Tillandsia rubra, entre muchas otras.

La fauna presenta características muy especiales según las diversas zonas de vida; entre las aves se encuentran el cóndor (Vultur gryphus) y diversas especies de picaflores; entre los mamíferos se hallan la tanka taruca (Mazama chunyi), el puma (Puma concolor), el tigrillo (Leopardus pardalis) y algunas especies de monos de los géneros: Cebus, Saimiri, Aotus y Lagothrix, este último en peligro de extinción.

Entre los ofidios tenemos una boa (Bothrops andianus) y víboras del género Bothrops. Hay también otras especies de fauna silvestre amenazadas, que habitan en el Santuario como son el gallito de las rocas o tunki (Rupicola peruviana), el oso de anteojos (Tremarctos ornatus), la nutria (Lontra longicaudis) y el gato montés (Oncifelis colocolo).

El objetivo principal del Santuario Histórico de Machu Picchu es proteger los valiosos testimonios de la arqueología y la cultura andina y su espectacular entorno paisajístico, que constituye hábitat natural de importantes especies de flora y fauna que se hallan en situación vulnerable o en peligro de extinción.