La Reserva Nacional Allpahuayo Mishana fue establecida el 15 de enero de 2004, mediante decreto supremo Nº 002-2004-AG como resultado del proceso de recategorización de la Zona Reservada Allpahuayo Mishana (establecida mediante decreto supremo Nº 006-99-AG). Se encuentra ubicada en la región Loreto (provincia de Maynas) y cuenta con 58,069.90 has de extensión.

Esta Reserva Nacional alberga una enorme riqueza biológica de gran peculiaridad, donde los bosques se extienden desde las orillas del río Nanay (en torno a la comunidad de Mishana) hasta la carretera Iquitos-Nauta en sus primeros 30 kilómetros.

Allpahuayo Mishana contiene ecosistemas únicos en la amazonía peruana como son los Bosques de Varillal y Chamizal sobre arenas blancas. Estos bosques albergan numerosas especies de plantas y animales endémicos y de distribución restringida, muchos de ellos no reportadas o sin descripción. El ritmo de deforestación y de intervención humana en el área es muy acelerado y el peligro de desaparición de especies únicas (por pérdida de hábitat o extracción directa) es real e inminente, lo que justifica su protección y manejo inmediato.

En esta zona se protege una parte significativa de los bosques de la cuenca hidrográfica del río Nanay, la principal fuente de provisión de agua potable de buena calidad para la ciudad de Iquitos. Estos bosques cumplen también la función de regular el clima y las precipitaciones pluviales, así como de amortiguar los cambios bruscos de temperatura.

Debido a su cercanía con la ciudad de Iquitos y su fácil acceso, posee un enorme potencial para brindar servicios turísticos, fundamentalmente para el turismo especializado (ecoturismo y turismo científico). La Reserva Allpahuayo Mishana articularía un eje turístico conformado por el Complejo Turístico de Quistococha, la ciudad de Nauta, la Reserva Nacional Pacaya-Samiria y el nacimiento del río Amazonas.

En este escenario natural de la biodiversidad amazónica los visitantes podrán observar los procesos ecológicos esenciales de la selva lluviosa tropical, además de su variada flora y fauna. El objetivo de la Reserva Nacional Allpahuayo Mishana es el de conservar la singularidad y variabilidad de los ecosistemas que existen en el área aledaña al río Nanay y a la comunidad de Mishana.