El Parque Nacional Bahuaja-Sonene fue establecido el 17 de julio de 1996 mediante Decreto Supremo Nº 012 - 96 - AG. Se creó como resultado del ordenamiento territorial llevado a cabo con la activa participación de organizaciones gremiales y sociales, autoridades, especialistas y comunidades locales de Madre de Dios y Puno.

Este Parque Nacional está ubicado en los departamentos de Madre de Dios y Puno, en las provincias de Tambopata y Sandia, respectivamente. Abarca una superficie de 537 053,25 hectáreas que correponde a lo que era el Santuario Nacional Pampas del Heath y parte de la Zona Reservada Tambopata-Candamo.

Su nombre, en lengua Ese'eja, es el de los ríos cuyas cuencas protege: el Tambopata y el Heath. Conforma un área fronteriza con el Parque Nacional Madidi en Bolivia.

Este Parque alberga poblaciones intactas de varias especies de fauna silvestre amenazada como son: la nutria gigante o lobo de río (Pteronura brasiliensis), el perro de monte (Speothos venaticus), el caimán negro (Melanosuchus niger) y el águila harpía (Harpia harpyja).

Al igual que en la Zona Reservada Tambopata-Candamo, en esta área existe una alta diversidad de aves e insectos como mariposas, libélulas y hormigas arbóreas. También protege la única muestra existente en el Perú de las denominadas pampas o sabanas húmedas tropicales y las especies representativas de fauna silvestre que se encuentran en dicho ecosistema: el ciervo de los pantanos (Blastocerus dichotomus) y el lobo de crin (Chrysocyon brachyurus), que no existen en otros lugares del país.

El río Heath y sus pampas son un ecosistema único en el Perú. Este río por sí mismo no sólo da acceso a las famosas Pampas del Heath, sino que incluye una gran extensión de terrazas arcillosas que parecen estar asociadas a las colpas de guacamayos y otros animales. Las pampas con 8 000 hectáreas aproximadamente son pastizales inundados periódicamente que se regeneran por incendios ocasionales en la temporada seca.

El origen y edad de las pampas son desconocidos, pero su futuro se asocia a los fuegos periódicos. Los pastizales que se regeneran en las pampas no consumidas por el fuego, son de corto periodo de duración.

Entre los objetivos principales del Parque Nacional Bahuaja-Sonene están los de conservar las bellezas paisajísticas de la selva sur y proteger la única muestra existente en el Perú de las sabanas húmedas tropicales y su flora y fauna silvestres, especialmente el ciervo de los pantanos y el lobo de crin.