La arqueología que estudia la ocupación y el desarrollo cultural producido entre los Ríos Marañón y Huallaga, zona considerada como el Parque Nacional Río Abiseo y perteneciente a la región San Martín, así como sus zonas de influencia, nació en 1965 con la primera expedición al entonces recién descubierto Gran Pajatén. Durante las siguientes décadas varios arqueólogos peruanos y extranjeros han contribuido al conocimiento más amplio de la cronología de la ocupación humana de la zona, tanto como patrones de asentamientos regionales y otras muy focalizadas. Aunque el complejo funerario de Los Pinchudos, anteriormente descrito en otro artículo de la serie, se ha considerado como un complejo de tumbas, de sociedades inmigrantes recién ingresadas a la ceja de selva, puede también apreciarse como un monumento edificado por sociedades complejas, de origen y desarrollo local dentro del bosque nublado y toda la zona de influencia. Aquella evolución cultural surge de ocupaciones humanas en la ceja de selva desde hace unos 10,000 años (según los arqueólogos Lennon en 1989 y Church en sus dos informes de 1996 y 1999). Si se combina la evidencia de todos los sitios arqueológicos investigados intensivamente hasta la fecha se puede confeccionar una secuencia casi completa de la ocupación prehispánica regional. La evidencia más amplia e informativa procede de las excavaciones arqueológicas en la Cueva Manachaqui y El Gran Pajatén (Church 1994, 1996).

La Cueva Manachaqui es una cueva rocosa, ubicada a 3.650 msnm en la zona ecológica subalpina del límite superior del bosque. Los depósitos estratificados del lugar ofrecieron material lítico y otros artículos, los que se sometieron a la prueba del carbono 14, arrojando tres diferentes etapas de ocupación precerámica. Una interpretación de datos de los estratos sugiere que la cueva sirvió de campamento temporal para cazadores hasta los últimos siglos del periodo precerámico; época durante la cual hay evidencia de la práctica de la agricultura dentro del valle, por grupos que probablemente utilizaron la cueva como habitación semi permanente u ocasional.

Alrededor de los 1500 años ac se inició el uso de la cerámica en la cueva. Los análisis de los estilos alfareros presentes indican comunicaciones con las sociedades tempranas de los bosques montañosos de la sierra de Cajamarca y otros tal vez más al norte (Chachapoyas). Hacia el fin del Periodo Inicial (alrededor de los 900 años ac) la Cueva Manachaqui asumió el papel de abrigo temporal donde pernoctaron los viajeros que transitaban por las redes de caminos interregionales que surgieron durante el Horizonte Temprano.

La cerámica correspondiente a los años 900 y 400 ac tiene muchas similitudes y semejanzas con los estilos Chorrera y Upano de regiones ecuatorianas. Después de un vacío en la secuencia de unos 200 años, se vuelve a utilizar la cueva.

La expansión Inca dejó amplia evidencia por toda esta zona. Aparentemente la cueva Manachaqui seguía siendo ocupada dentro de un sistema de intercambio. Lo cierto es que se encuentra abundante evidencia de comunicación interregional, en forma de estilos e iconografía, en textiles, orfebrería, cerámicas y construcciones. Durante el Horizonte Tardío encontramos construcciones impresionantes dentro del bosque como los edificios principales del Gran Pajatén y del sitio La Playa. Es en este momento final de la época prehispánica en que las sociedades de la cuenca del río Montecristo alcanzan la cima de su desarrollo manifestado por construcciones asombrosas y extraordinarias, en cuanto a su arquitectura y el trabajo lítico. Las tumbas del Complejo funerario de Los Pinchudos caen dentro de esta nueva tradición arquitectónica decorativa en el valle Montecristo. Otros sitios menos conocidos como Cerro Central también deben pertenecer a esta época-área.

En 1975, Alex Cabrol toma unas fotos del conjunto donde se pueden apreciar aríbalos y cerámica incaica dentro de los edificios y restos óseos fuera de uno de estos, lo que demuestra que el sitio fue visitado antes de 1975 (según Bonavia, en 1960). Luego, en 1980 el arqueólogo Federico Kauffman Doig (peruano) fue quien estudió el lugar denominado Los Pinchudos, en referencia a los falos prominentes de las estatuas que cuelgan de uno de los edificios del complejo, ubicado a 2.860 msnm sobre la margen sur del Río Montecristo, afluente del Abiseo. El sitio consiste en un conjunto de ocho unidades arquitectónicas en un nivel y una unidad arquitectónica debajo del primer nivel, las cuales se encuentran en un angosto abrigo rocoso, definido y protegido por la estructura geológica en la que se construyó este conjunto funerario que mide 30 m de longitud por 3,50 m de ancho, y presenta una diferencia de niveles de 5 m entre un extremo y otro. En 1985 la misión arqueológica de la Universidad de Colorado, al mando de Thomas Lennon, levantó un croquis del sitio, documentando en detalle las construcciones y realizando una recolección de cerámica en todo el conjunto.

Un equipo de la Universidad de Colorado (EEUNA) concluyó que el monumento fue construido durante la época de hegemonía incaica (1450 a 1530 dc). Posteriormente, nuevas investigaciones de F. Kauffmann D se centraron en la elaboración de planos más detallados del conjunto, así como una descripción de las construcciones. Se elaboraron dos informes técnicos, en 1991 y 1996 respectivamente, reportando el estado de conservación del sitio y el estado crítico de cada uno de los edificios. Otro informe realizado por el arqueólogo Daniel Morales y presentado en 1996 indica el peligro que corren los mausoleos por su precario estado de conservación. Dentro de área del Parque Nacional del Río Abiseo se ubican importantes restos arqueológicos, destacando abrigos rocosos, estructuras ceremoniales, viviendas, plataformas, terrazas, caminos y complejos funerarios. Entre los sitios más conocidos se encuentran las ruinas del Gran Pajatén (ubicado en el Parque Nacional del Río Abiseo), así como el mausoleo conocido como Los Pinchudos.

Los edificios se construyeron sobre el lecho de la roca y sobre piedras trabajadas. Estos varían en tamaño y forma (semi redondo a rectangular, aunque todas las formas son irregulares). Los pisos de algunos edificios están construidos por lajas de piedra y se utilizaron piedras de tipo pizarra para construir sus paredes. En los techos se usaron vigas de madera, cubiertas con lajas de piedra. Un aspecto que se debe destacar es la iconografía de algunos de los edificios, en donde la pared exterior muestra motivos geométricos cuidadosamente elaborados.

El excelente estado de preservación de Los Pinchudos se debe a la exposición hacia el norte del precipicio. El intenso sol tropical presenta un micro clima donde los cactus y la vegetación con la lluvia predominante del valle arbolan el ambiente. Ahí se conservan cinco estatuas (originalmente eran seis) de madera que cuelgan de los aleros del Edificio N° 5. Los rastros de pigmento aún visibles en las estatuas indican que estuvieron pintados (tradición de los Chachapoyas de pintar sus estatuas como en la Laguna de los Cóndores). La preservación excelente de fragmentos de textiles y otros artefactos es comparable a lo encontrado en La Laguna de los Cóndores (según Von Hagen y Guillén 1998; así como el segundo informe de Von Hagen en el 2000). Estos microclimas áridos permitieron que los Chachapoyas entierren y preserven los restos de individuos distinguidos y familias notables. La selección de sitios como son los precipicios o farallones refleja la necesidad de evitar la cercanía o la acción de extraños y la profanación de las tumbas; además de permitir miradores excelentes para los antepasados y así tener una vigilancia eterna de las tierras y actividades de la comunidad.