En esta área sólo se conocen dos estaciones, de sequía y de lluvias, con friajes repentinos a lo largo del año. La magnitud de la reserva está ubicada dentro de la línea divisoria de las aguas del río Manu de 250 kilómetros de largo, uno de los ríos que fluyen de los Andes y se unen para formar el poderoso río Amazonas.

La mayoría de las áreas bajas del parque (a 400 mts sobre el nivel del mar) recibe aproximadamente dos metros cúbicos de lluvia anualmente, el doble que en la ciudad de Nueva York. Gran cantidad de está lluvia cae durante los meses de Octubre o Noviembre y Abril o Mayo. Los meses de sequía son de Junio a Setiembre.

Durante el día el promedio de la temperatura en las áreas bajas es de 35° C, durante la noche el promedio de temperatura es de 25°C. Sin embargo, a lo largo del año, repentinos friajes provenientes del Sur ocasionan fuertes lluvias que pueden durar uno o dos días con una temperatura máxima de 18°C en el día y mínima de 10°C en la noche.

En el Manu el clima es muy variable, lo que quiere decir que en época de sequía puede llover en cualquier momento y se debe tomar precauciones.

TEMPORADA ALTA: MAYO - DICIEMBRE

TEMPORADA BAJA: ENERO - MARZO

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