Para llegar a Choquequirao es recomendable iniciar el camino desde Cusco, el "ombligo del mundo" andino, que dura 6 horas aproximadamente. A Cusco se llega en un vuelo de 1 hora desde Lima, o por vía terrestre tras un largo periplo de 24 horas.

Desde la llamada "Ciudad Imperial", hay que movilizarse en bus o camioneta al pueblo de Cachora (Apurímac). En esta pequeña comunidad andina, se inicia la caminata de 60 kilómetros (ida y vuelta), que puede intercalarse con tramos a caballo o mula.