A Chachapoyas se puede llegar por vía aérea, por tierra o ruta combinada de avión y carretera.

En Chachapoyas existen dos aeropuertos donde sólo llegan aviones de la Fuerza Aérea del Perú, que realizan vuelos de apoyo, los cuales deben ser confirmados previamente en el Aeropuerto Internacional Jorge Chávez de Lima. Algunas veces aterrizan vuelos organizados por una empresa aérea regional.

El viaje por tierra desde Lima a Chachapoyas demora cerca 30 horas. Lo recomendable -si se quiere evitar pasar más de un día en un ómnibus- es llegar por vía aérea a Chiclayo, capital del departamento de Lambayeque, o a Tarapoto, en el departamento de San Martín, para continuar el trayecto por carretera.