In Tarapoto und in den anderen Städten von San Martín sind die Strassen voll von Motorrädern. Die beste Form sich hier fortzubewegen ist daher das Moto-Taxi, sehr effizient und billig, allerdings nicht sehr komfortabel.
Die Moto-Taxis findet man überall in der Stadt und fahren auch zu den touristischen Sehenswürdigkeiten in der Umgebung der Stadt. Es ist ratsam vor Fahrtbeginn den Preis auszuhandeln.

Um in den Badeort Cumbaza zu gelangen, 5 km von Tarapoto entfernt, kann man den öffentlichen Bus Tarapoto - Morales nehmen oder einen Wagen des Unternehmens Comité de Taxi, das sich am ersten Block des Jirón San Martín befindet.

Zur Lagune Azul, in der Region El Sauce (2 Stunden von Tarapoto entfernt), gelangt man per Flugzeug; nur wenn sich die Landepiste in gutem Zustand befindet! Am besten in der Trockenzeit. Der Flug dauert ungefähr 10 Minuten.