In dieser Region gibt es nur zwei Jahreszeiten, Regenzeit und Trockenzeit mit mehreren Temperaturstürzen während des ganzen Jahres. Der Nationalpark befindet sich an der Trennlinie des Flusses Manu, welcher 250 km lang ist. Der Manu ist einer jener Flüsse aus den Anden, die zusammenfliessen und so den Amazonas bilden.

In den niederen Zonen des Parks (400m Höhe) beträgt der durchschnittliche Niederschlag im Jahr 2 m³. Der Grossteil des Regens fällt im Oktober / November und April / Mai. Die Trockenzeit beginnt im Juni und endet im September.

Während des Tages beträgt die Durchschnittstemperatur in den niederen Zonen 35°C, in der Nacht fällt die Temperatur auf ca. 25°C. Trotz allem kann es während des ganzen Jahres zu Temperaturstürzen kommen. Diese verursachen heftige Regenfälle und können ein oder zwei Tage andauern. Die Temperatur beträgt während dieser Tage max. 18°C am Tag und min. 10°C in der Nacht.

Das Klima in Manu ist seht wechselhaft; dies bedeutet, dass es auch während der Trockenzeit regnen kann. Es wird empfohlen sich darauf vorzubereiten.

HOCHSAISON: MAI - DEZEMBER
NEBENSAISON: JÄNNER - MÄRZ

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