Iquitos ist aufgrund seiner klimatischen Charakteristiken die Stadt der Motorräder. Folglich ist das Mototaxi die beste Form sich hier fortzubewegen.

Das Mototaxi ist ein Motorrad mit einer hinten befestigten Fahrgastkabine (für zwei oder drei Personen). Es wird empfohlen vor Fahrtbeginn den Fahrpreis auszumachen.

Um sich im Einzugsgebiet der Stadt fortzubewegen, kann man mit den öffentlichen Verkehrsmitteln fahren, Busse oder Minibusse, die einer festgelegten Route folgen.

Wenn man den Amazonas befahren will, ist es am besten Reiseagenturen der Stadt, welche verschiedene ökotouristische Touren anbieten, aufzusuchen.