In Chachapoyas gibt es zwei Flughäfen, die allerdings Militärflughäfen sind. Es werden aber auch Hilfsflüge durchgeführt, die vorher am internationalen Flughafen von Lima bestätigt werden müssen.

Manchmal gibt es auch Flüge, die von einer regionalen Fluglinie organisiert werden.

Die Reise über Land von Lima nach Chachapoyas dauert ungefähr 30 Stunden. Es ist empfehlenswert nach Chiclayo (Hauptstadt der Provinz Lambayeque) oder nach Tarapoto (in der Provinz San Martín) zu fliegen und von dort aus die Reise über Land zu beginnen.