Arequipa liegt 1.020 km südlich von Lima. Man kann die Stadt in 70 Minuten mit dem Flugzeug erreichen.

Flüge Lima – Arequipa bzw. Flüge Arequipa – Lima:
Lan Peru: täglich

Es wird empfohlen die Flüge vorher zu reservieren und die Abflugzeiten rückbestätigen zu lassen.

Auf dem Landweg fährt man über die Panamericana Sur Landstraße. Die Fahrt dauert ungefähr 14 Stunden. Die Transportunternehmen bieten Direktfahrten an, oft mit sehr gutem Service wie Essen, Klimaanlage und bequeme Sitze.

Arequipa ist mit anderen wichtigen Städten verbunden. Man kann Tacna über die Panamericana Sur erreichen; ebenfalls Puno über eine Landstraße (in schlechtem Zustand) und Cusco über die Landstrasse Tintaya. Außerdem gibt es Zugverbindungen in die Städte Juliaca, Puno, Cusco.