Dieses Schutzgebiet befindet sich im Departament Cusco, in der Provinz Urubamba, Distrikt Machupicchu. Seine Fläche erstreckt sich über 32 592 Hektar.

Die Zone in der sich Machupicchu befindet, besitzt sowohl Charakteristiken der andinen Region als auch des Amazonas.
Machupicchu ist einer der wertvollsten architektonischen Schätze und die touristische Hauptattraktivität Südamerikas. Es gibt auf diesem Kontinent kein vergleichbares Werk, welches eine so wunderbare Harmonie zwischen menschlichem Werk und Natur bietet.
Ausser der Zitadelle von Machupicchu existieren in dieser Zone noch 34 weitere archäologische Gruppen, die durch den Inkatrailmiteinander verbunden sind.

Die Flora in diesem historischen Schutzgebiet ist sehr reichhaltig, vor allem in den feuchten Zonen zwischen 2000 und 4000m Höhe. In den höher gelegenen Zonen gibt es verschiedene Spezien von hochandinen Poáceas. In den niederen Lagen findet man enorme, alte Bäume wie: Aliso (Alnus jorullensis), Pisonay (Erythrina falcata), Nussbäume (Junglans neotropica), Intimpa (Podocarpus glomeratus), Quishuar (Buddleja incana), Queñual (Polylepis racemosa), Zedern (Cedrela sp.) und viele andere, die an den Schluchten und Hängen wachsen. Ferner gibt es Palmen der Gattung Geromoina und Baumfarne (Cyathea sp.).
Ebenso findet man in dieser Zone zahlreiche Orchideen; 30 Gattungen und mehr als 190 Spezien), die abwechselnd blühen, sowohl im freien Gelände als auch im Wald. Zu den Schönsten zählen: Masdevallia barlaeana und Maxillaria floribunda.
Die Bromelien werden vertreten von: Puya weberbaueri und Tillandsia rubra, unter vielen anderen.

Die Fauna besitzt sehr spezielle Charakteristiken, je nach den diversen Lebesbereichen. Unter den Vögeln befinden sich: Kondor (Vultur gryphus) und diverse Spezien von Kolibris; zu den Säugetieren gehören: Tanka Taruca (Mazama chunyi), Puma (Puma concolor), Tigrillo (Leopardus pardalis) und andere Spezien an Affen der Gattungen: Cebus, Saimiri, Aotus und Lagothrix (letzterer ist vom aussterben bedroht). Unter den Schlangen gibt es: Boa (Bothrops andianus) und Schlangen der Gattung Bothrops.
Es gibt noch andere Spezien der Fauna im Schutzgebiet von Machupicchu, die vom Aussterben bedroht sind: Gallito de las Rocas oder Tunki (Rupicola peruviana), Oso de anteojos (Tremarctos ornatus), Fischotter (Lontra longicaudis) und Waldkatze (Oncifelis colocolo).

Das Hauptziel des historischen Schutzgebietes von Machupicchu ist, die wertvollen Zeugnisse der Archäologie und der andinen Kultur und die umgebende, wunderschöne Landschaft, die ein Teil des natürlichen Lebensraum wichtiger Spezien der Flora und Fauna bildet, zu schützen.