A Tarapoto comme dans toutes les autres villes de San Martin, les rues sont remplies de motos.
Pour cela, le meilleur moyen de se déplacer d'un endroit a un autre et d'utiliser les motos-taxis, service efficient et économique bien que peu confortable.

On en trouve dans toutes les rues sans trop de problèmes et elles peuvent vous emmener dans les lieux touristiques limitrophes a la ville. Il est conseillé de décider le prix de la course avant de monter.

Pour arriver à la station thermale de Cumbaza, à 5 km de Tarapoto- il est possible de prendre un bus de la ligne Tarapoto-Morales ou les véhicules du Comité de Taxis, dont la station se trouve sur la première cuadra du Jirón San Martín.

A la Lagune bleue, dans le district El Sauce, a deux heures de Tarapoto, on peut arriver en avion quand la piste d'atterrissage est en bon état et que ce n'est pas saison des pluies. Le vol dure à peu près 10 minutes.