Dans cette partie du pays il existe seulement deux saisons : une sèche et l'autre de pluies avec des baisses de températures soudaines tout au long de l'année.

La magnitude de la réserve est située dans la partie qui sépare les eaux du fleuve Manu de 250 km de long, un des fleuves des Andes qui se joignent pour former l'Amazones.
La majorité des zones basses du parc (400 mètres d'altitude) reçoit environ deux mètres cubes de pluies annuelles. Le double que dans la ville de New York. Une grande partie tombe en octobre ou novembre et avril et mai. Les mois secs sont de juin à septembre.

Pendant la journée la température moyenne dans les zones les plus basses est de 35 degrés, pendant la nuit elle descend vers 25 degrés. Cependant, tout au long de l'année de soudaines baisses de température provenants du Sud provoquent de fortes pluies qui peuvent durer un ou deux jours et la température moyenne est alors de 18 degrés le jour et de 10 degrés la nuit.

Dans le parc du Manu, le climat est très variable ce qui veut dire qu'il peut pleuvoir pendant la saison sèche et qu'il faut toujours prendre des précautions.


HAUTE SAISON : DE MAI À DÉCEMBRE

BASSE SAISON : DE JANVIER À MARS