Mais Cuzco, comme centre vivant d'une culture nourrie par l'Inca et l'Espagnol, doit aussi être apprécié dans sa dimension religieuse. Dans ses principaux temples figure la cathédrale. Elle a d'abord était érigée sur ce qui était Suntur Wasi, aujourd'hui église du triomphe. Ensuite, on ordonna sa construction dans le solarium de Kiswar Kancha. Terminée en 1654 et consacrée en 1669, la dite cathédrale est décorée avec des sculptures de bois de cèdre et d'alisier ; on remarque le chœur, la chaire et les sculptures de bois dans les autels et le mobilier.

Pour ce qui est de la peinture, c'est un véritable plaisir de pouvoir apprécier dans la cathédrale des œuvres comme Le pardon, la dernière cène et le christ sur la croix. De plus, le visiteur pourra observer de superbes travaux en argent repoussé, comme les chars et les brancards de procession, et autres ornements. Ses chapelles les plus importantes sont celles du Señor de los Temblores, la Virgen de los Remedios, la Virgen de Choqonchaka et la Inmaculada Concepción.

La Compañía de Jesús , dont la construction s'est terminée en 1668, présente a l'intérieur un style baroque marqué. Le plan de la Compañía, comme celui de la cathédrale, est une croix latine et possede une seule nef. Entre les trésors que conserve cette église figurent les retables, de superbes étoffes et d'impressionnantes sculptures.
D'autres importantes expressions de l'architecture religieuse de Cuzco sont l'église et le couvent de la Merced, dont la façade est magnifique; l'église de Santo Domingo, grand monument de l'architecture péruvienne.

San Blas , célèbre pour ses extraordinaires œuvres de menuiserie artistique de style churrigueresque ; l'église et le couvent de San Francisco, avec sa façade de pierre, de style espagnol ancien ; l'église et le monastère de Santa Catalina, dont l'architecture correspond aux dernières étapes de la renaissance, et d'autres superbes expression comme l'église de San Pedro et l'église et le monastère de Santa Clara. ute;fecture péruvienne. En notre siècle, a été honoré comme capitale archéologique d'Amérique et patrimoine culturel de l'humanité.

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