Il est possible de visiter Choquequirao presque toute l'année, sauf durant la saison des pluies (de décembre à mars), quand le chemin devient boueux.

Tenter le parcours dans ces conditions devient une tâche titanesque, presque impossible.

Climat

Le climat de la zone est assez chaud, compte tenu qu'elle se trouve au bord de la jungle, bien que la température baisse pendant la nuit.