Le Sanctuaire Historique de Machu Picchu fut établi le 8 janvier 1981, au moyen de l'Ordonnance SuprêmeNº 001-81-AA. En 1983 l'UNESCO l'a déclaré Patrimoine Culturel et Naturel de l'Humanité.
Ce Sanctuaire est localisé dans le département de Cusco, province d'Urubamba, district de Machu Picchu. Il comporte une surface de 32 592 hectares.
La région dans laquelle Machu Picchu se trouve a des caractéristiques propres à la région andine comme à l'Amazonie. C'est un des bijoux architecturaux les plus importants dans le monde et l'attrait touristique principal d'Amérique du Sud. Aucune autre oeuvre semblable dans le continent, et très peu dans le monde, n'harmonisent si merveilleusement le travail humain avec le paysage naturel. En plus de la citadelle de Machu Picchu, 34 autres groupes archéologiques existent dans la région, reliés par le Chemin Inca.
La flore dans ce Sanctuaire est exubérante, principalement dans les régions humides entre 2 000 et 4000 mètres d'altitude. Dans les parties hautes on trouve différentes espèces de Poaceas altoandinas. Dans les parties basses on observe d'énormes et antiques arbres comme l'aliso (Alnus jorullensis), le pisonay (Erythrina falcata), la noyer (Junglans neotropica), l'intimpa (Podocarpus glomeratus), le quishuar (Buddleja incana), le queñual (Polylepis racemosa), le cèdre (Cedrela sp.) et beaucoup d'autres qui couvrent les ravins et les rives boisées.
Il y a aussi des palmiers d'une hauteur du genre Geromoina et des fougères arboricoles (Cyathea sp.).
Les orchidées sont abondantes (30 genres et plus de 190 espèces) qui fleurissent alternativement tout au long de l'année, autant dans les zones ouvertes que dans l'épaisseur des bois.
Parmi les plus belles on trouve: Masdevallia barlaeana et Maxillaria floribunda. Le Broméliacées sont représentées par la weberbaueri et la Tillandsia rubra, parmi beaucoup d'autres.
La faune présente des caractéristiques très spéciales selon les régions diverses de vie; parmi les oiseaux on trouve le condor (Vultur gryphus) et diverses espèces de picaflores ; parmi les mammifères il y a les mazames nains gris (Mazama chunyi), le puma (Puma concolor), l'ocelot (Leopardus pardalis) et quelques espèces de singes du genre: Zébus, Saimiri, Aotus et Lagothrix, ce dernier en danger d'extinction.
Parmi les ophidiens nous avons le boa (Bothrops andianus) et les vipères du genre Bothrops. Il y a aussi d'autres espèces menacées de faune sauvage qui vivent dans le Sanctuaire comme le coq des rocs ou tunki (Rupicola peruviana), l'ours à lunettes (Tremarctos ornatus), la loutre (Lontra longicaudis) et le chat des montagnes (Oncifelis colocolo).
L'objectif principal du Sanctuaire Historique de Machu Picchu est de protéger les témoignages précieux de l'archéologie et la culture andine et son paysage qui constitue l'habitat naturel d'espèces importantes de flore et faune qui sont dans une situation vulnérable ou en danger d'extinction.